Poreska kontrola nije slučajna niti se pokreće proizvoljno, već se zasniva na analizi podataka koje obveznici dostavljaju kroz poreske prijave, finansijske izveštaje i druge zakonom propisane evidencije, u skladu sa Zakonom o poreskom postupku i poreskoj administraciji. Poreska uprava procenjuje poreski rizik na osnovu ukupne slike poslovanja – upoređuju se prijavljeni prihodi, rashodi, dobit, PDV obaveze, podaci o zaradama, kao i informacije koje se mogu ukrštati sa podacima drugih obveznika. Značajna odstupanja, nelogičnosti ili neusklađenosti u evidencijama mogu predstavljati osnov za dodatnu proveru.

Na primer, dugotrajno iskazivanje gubitaka uz kontinuirano poslovanje, učestali zahtevi za povraćaj PDV-a, nagle promene u prometu bez jasnog ekonomskog razloga ili razlike između prijavljenih podataka poslovnih partnera mogu povećati nivo poreskog rizika. Kontrola može biti kancelarijska, na osnovu dostavljene dokumentacije, ili terenska, kada se vrši neposredna provera kod obveznika. Sama kontrola ne znači da je prekršaj učinjen, ali ukoliko se utvrde nepravilnosti, može uslediti obračun dodatnog poreza, kamate i pokretanje odgovarajućeg postupka.

Najbolja zaštita je uredno i zakonito poslovanje – pravilno vođenje poslovnih knjiga, blagovremeno podnošenje prijava i dosledno evidentiranje svih poslovnih događaja. Transparentnost i tačnost u obračunima značajno smanjuju rizik od neprijatnosti i dodatnih troškova u slučaju poreske provere.